Linux -- это интересно

Gabedit


Рубрика: Образовательные
Метки: | | | | | |
Просмотров: 140

Gabedit — простой C (си) / x11 / GTK / OpenGL графический интерфейс (GUI) к нескольким пакетам вычислительной химии.

Gabedit даёт удобный доступ к функционалу Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess и Q-Chem. Для удобства пользователей в состав приложения включена утилита для просмотра и редактирования молекул в 3D-режиме (трёхмерного молекулярного моделирования).

GAMESS-US (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) — утилита из пакета вычислительной квантовой химии производящая расчёты при помощи многих методов вычислений. Сделанные расчёты сохраняются в текстовой файл специального формата, хранящиеся в файле координаты можно преобразовать в любой удобный формат с помощью Open Babel (химическая экспертная система).

Gaussian — пакет утилит для расчёта структуры и свойств молекулярных систем в газовом и конденсированном состоянии, включающем большое разнообразие методов вычислительной химии, квантовой химии и молекулярного моделирования. Пакетом утилит можно генерировать так называемые cube-файлы (*.cube), описывающие некоторые объёмные данные и положение атомов для молекулярной системы.

Molcas — коммерческое приложение для вычислительной химии, разработанное в качестве совместного проекта рядом международных институтов. Основное внимание в приложении уделено методам расчёта общих электронных структур в молекулярных системах (как в основном, так и в возбуждённом состояниях), используется библиотека для параллельных вычислений Global Arrays (GA).

Molpro — набор утилит на основе библиотеки параллельных вычислений Global Arrays (GA), используется для точных вычислений в квантовой химии. При разработке основное внимание уделяется высокоточным вычислениям, с широким рассмотрением проблемы корреляции электронов посредством взаимодействия конфигурации многовариантности.

MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry) — пакет утилит для проведения параллельных вычислений в квантовой химии и молекулярном моделировании. Пакет утилит является открытым аналогом пакетов вычислительной химии GAMESS и Gaussian, распространяемых под лицензиями с ограничениями (proprietary), бесплатными и условно-бесплатными.

OpenMopac — утилита используемая в вычислительной химии для реализации полуэмпирических алгоритмов квантовой химии. Утилита является свободной версией MOPAC, ставшей распространяться под бесплатной лицензией для академических пользователей и по платной подписке для коммерческого использования.

Orca — пакета утилит вычислительной квантовой химии, основным назначением является расчёт больших молекул, комплексов с переходными металлами, а также UV-Vis и ИК спектров. Результаты вычислений сохраняются в файл особого формата, но могут преобразовываться в cube-файлы (*.cube) и формат XYZ (*.xyz) поддерживаемый большинством приложений для трёхмерного молекулярного моделирования.

Firefly (ранее PCGamess) — набор утилит для квантовохимических расчётов основанный на GAMESS-US и переписанный автором на 60-70% (основной разработчик Александр Грановский), в следствии чего расчёты производятся значительно быстрее чем утилитами оригинального проекта.

Q-Chem — пакет предлагающий передовую всеобъемлющий комплекс инструментов неэмпирической химии для точного прогнозирования молекулярных структур, реактивности, колебательного, электронного спектра и спектра ядерного магнитного резонанса. Пакет включает в себя интегрированный графический интерфейс предусматривающий общие возможности визуализации и генератор ввода, обширный набор функций и методов корреляции. Дополнительно к инструментам вычислительной химии предоставляется универсальная платформа разработки кода.

Gabedit поддерживает наиболее популярные форматы молекул и белковых структур (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр), поддерживается импорт большинство графических форматов (PNG, JPEG, BMP, PPM и др), может автоматически генерировать серию изображений для анимации и многое другое...

Лицензия: BSD (Berkeley Software Distribution license)

Домашняя страница

Страница на sourceforge.net

Страница на github.com (fork original repository)

Оставьте комментарий!
Используйте нормальные имена.Войти через loginza
Если вы уже зарегистрированы как комментатор или хотите зарегистрироваться, укажите пароль и свой действующий email.
(При регистрации на указанный адрес придет письмо с кодом активации и ссылкой на ваш персональный аккаунт, где вы сможете изменить свои данные, включая адрес сайта, ник, описание, контакты и т.д.)



 
(обязательно)