Linux -- это интересно

PyMOL


PyMOL (Molecular Graphics System) — расширяемое C (си) / C++ / Python / Tk графическое приложение для трёхмерного молекулярного моделирования.

Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.

Молекулярное моделирование используется в компьютерной химии, вычислительной биологии и науке о материалах, для изучения индивидуальных молекул и взаимодействия в молекулярных системах. Методы ММ широко используются при изучении структуры, динамики и термодинамики неорганических, биологических и полимерных систем.

Система молекулярной визуализации PyMOL позволяет создавать высококачественные трёхмерные (3D) изображения мелких молекул, биологических молекул (таких как белки), молекулярных поверхностей, траекторий и пр...

PyMOL имеет частично настраиваемый двухоконный пользовательский интерфейс (окно просмотра и окно инструментов), поддерживается графическое и командное управление. Поддерживается просмотр трёхмерных структур большинства наиболее популярных форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).

Помимо визуализации PyMOL может использоваться для редактирования данных, предоставляя полный набор инструментов для работы с трёхмерными структурами. Есть возможность неограниченного повтора и отмены изменений (Undo/Redo), сессию визуализации и редактирования можно сохранить (в файле *.pse).

PyMOL позволяет экспортировать просматриваемые и редактированные трёхмерные структуры в файлы форматов VRMI 2 WRL (*.wrl), COLLADA (*.dae) и ROV (*.pov), можно экспортировать презентацию в видеоролик (MPEG) и изображение формата PNG (*.png). С помощью PyMOL сделано примерно четверть публикуемых в научной литературе структур белков.

PyMOL легко расширяется с помощью плагинов и пользовательских скриптов, с приложением поставляется несколько демонстрационных трёхмерных структур, ведётся подробный лог событий, настройки сохраняются в конфигурационном файле (~/.pymolrc).

Лицензия: Python License (CNRI Python License)

Домашняя страница

Страница на sourceforge.net

Оставьте комментарий!
Используйте нормальные имена.Войти через loginza
Если вы уже зарегистрированы как комментатор или хотите зарегистрироваться, укажите пароль и свой действующий email.
(При регистрации на указанный адрес придет письмо с кодом активации и ссылкой на ваш персональный аккаунт, где вы сможете изменить свои данные, включая адрес сайта, ник, описание, контакты и т.д.)



 
(обязательно)