Linux -- это интересно

XCrySDen


Рубрика: Образовательные
Метки: | | | | | | | | |
Просмотров: 383

XCrySDen — легковесное C++ / Tcl / Tk / OpenGL графическое приложение для визуализации молекулярных и кристаллических систем, молекулярного моделирования (ММ).

Молекулярное моделирование (Molecular modelling) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.

XCrySDen (Crystalline Structures and Densities and X) написан в 1996 году Антоном Кокальем (Anton Kokalj) по проекту Мауро Кауса (Mauro Causà) для кафедры физической и органической химии института имени Юзефа Стефана, Любляна, Словения (Jozef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia). Первая версия приложения была представлена в 1999 году.

XCrySDen создавался как максимально простой инструмент визуализации, интерфейс ориентирован на быстрое обучение и использование неподготовленными пользователями. Базовые функции визуализации доступны без дополнительного изучения возможностей приложения.

Помимо собственного функционала XCrySDen является графическим интерфейсом для некоторого функционала пакета научных приложений CRYSTAL (расчёты в области квантовой химии твёрдого тела), предоставляет систему визуализации для PWscf / Quantum ESPRESSO (расчет электронной структуры и моделирования материалов), WIEN2k (квантово-механические вычисления) и других приложений использующих Ab initio методы расчётов.

XCrySDen обладает практически всем функционалом необходимым современному молекулярному визуализатору, молекулярные модели могут отображаться в нескольких режимах (каркас, палочки, шары и др), все операции проводятся в реальном времени (вращение, масштабирование и прочее), поддерживается анимация, для визуализации можно задать различные атрибуты (цвета атомов и связей, толщины связей и линий, радиусы атомов и пр).

В дополнение к "стандартным" инструментам молекулярной визуализации XCrySDen поставляется с дополнительным набором функций необходимых для визуализации кристаллических структур. При визуализации можно переключаться между примитивными и обычными настройками ячеек, изменять количество отображаемых единичных ячеек, отображать кристаллическую решетку и многое другое...

XCrySDen поддерживает просмотр молекулярных и кристаллических структур нескольких стандартных форматов (XYZ, PDB и др), для сохранения результата визуализации можно использовать собственный (внутренний) формат XSF (*.xsf), опционально может использоваться химическая экспертная система Open Babel (для расширения количества поддерживаемых форматов).

XCrySDen поддерживает визуализацию химических структур сделанных несколькими сторонними приложениями (GAUSSIAN, CRYSTAL, PWscf, WIEN2k, FHI98MD и ABINIT) и интеграцию с внешними утилитами преобразования (например xsfConvert). Никакого специального графического оборудования для работы приложения не требуется.

Лицензия: GNU General Public License version 2.0 (GPLv2)

Домашняя страница

Оставьте комментарий!
Используйте нормальные имена.Войти через loginza
Если вы уже зарегистрированы как комментатор или хотите зарегистрироваться, укажите пароль и свой действующий email.
(При регистрации на указанный адрес придет письмо с кодом активации и ссылкой на ваш персональный аккаунт, где вы сможете изменить свои данные, включая адрес сайта, ник, описание, контакты и т.д.)



 
(обязательно)