XCrySDen — легковесное C++ / Tcl / Tk / OpenGL графическое приложение для визуализации молекулярных и кристаллических систем, молекулярного моделирования (ММ).
Молекулярное моделирование (Molecular modelling) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.
XCrySDen (Crystalline Structures and Densities and X) написан в 1996 году Антоном Кокальем (Anton Kokalj) по проекту Мауро Кауса (Mauro Causà) для кафедры физической и органической химии института имени Юзефа Стефана, Любляна, Словения (Jozef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia). Первая версия приложения была представлена в 1999 году.
XCrySDen создавался как максимально простой инструмент визуализации, интерфейс ориентирован на быстрое обучение и использование неподготовленными пользователями. Базовые функции визуализации доступны без дополнительного изучения возможностей приложения.
Помимо собственного функционала XCrySDen является графическим интерфейсом для некоторого функционала пакета научных приложений CRYSTAL (расчёты в области квантовой химии твёрдого тела), предоставляет систему визуализации для PWscf / Quantum ESPRESSO (расчет электронной структуры и моделирования материалов), WIEN2k (квантово-механические вычисления) и других приложений использующих Ab initio методы расчётов.
XCrySDen обладает практически всем функционалом необходимым современному молекулярному визуализатору, молекулярные модели могут отображаться в нескольких режимах (каркас, палочки, шары и др), все операции проводятся в реальном времени (вращение, масштабирование и прочее), поддерживается анимация, для визуализации можно задать различные атрибуты (цвета атомов и связей, толщины связей и линий, радиусы атомов и пр).
В дополнение к "стандартным" инструментам молекулярной визуализации XCrySDen поставляется с дополнительным набором функций необходимых для визуализации кристаллических структур. При визуализации можно переключаться между примитивными и обычными настройками ячеек, изменять количество отображаемых единичных ячеек, отображать кристаллическую решетку и многое другое...
XCrySDen поддерживает просмотр молекулярных и кристаллических структур нескольких стандартных форматов (XYZ, PDB и др), для сохранения результата визуализации можно использовать собственный (внутренний) формат XSF (*.xsf), опционально может использоваться химическая экспертная система Open Babel (для расширения количества поддерживаемых форматов).
XCrySDen поддерживает визуализацию химических структур сделанных несколькими сторонними приложениями (GAUSSIAN, CRYSTAL, PWscf, WIEN2k, FHI98MD и ABINIT) и интеграцию с внешними утилитами преобразования (например xsfConvert). Никакого специального графического оборудования для работы приложения не требуется.
Лицензия: GNU General Public License version 2.0 (GPLv2)
