Jmol / JSmol

Интерактивное приложение для просмотра структуры молекул в трёх измерениях.



Jmol — расширяемое Java (JavaScript / Java Swing) графическое приложение для визуализации трёхмерных молекулярных структур (viewer for chemical structures in 3D).





Jmol несложен для освоения и обладает хорошей внутренней логикой, приложение предназначено для использования студентами, учителями и исследователями в области молекулярной биологии, химии, квантовой химии и биохимии.



Jmol обладает удовлетворительной визуализацией, достаточной для обеспечения большинства потребностей разнообразного спектра анализов. Для пространственной сцены можно задать физические характеристики, обеспечить выполнение функциональных процедур и необходимых вычислений.





Jmol работает в двух окнах (графическом и командном), визуализация изображений молекул может осуществляться несколькими способами, молекулы могут быть показаны как модель "шар и палка", модель "заполнения пространства", модель "лента" и пр...



Jmol может расширяться с помощью плагинов и пользовательских скриптов, поддерживается просмотр изображений трёхмерных структур в форматах ChemML (*.cml), Crystallographic Information File (*.cif), MDL (*.mol;*.sd;*.sdf), PDB (*.pdb;*.ent) и XYZ (*.xyz), есть возможность экспорта трёхмерных молекулярных структур в некоторые графические форматы.





JSmol — встраиваемый JavaScript апплет (созданный на основе Jmol) обеспечивающий возможность моделирования и рендеринга специализированных пространственных сцен (встраиваемых в веб-страницу). Части апплета могут использоваться для написания пассивных и интерактивных Java-приложений визуализации, выполняемых на локальном компьютере или в сети Интернет.



Лицензия: GNU Library or Lesser General Public License version 2.0 (LGPLv2)



Домашняя страница

Страница на sourceforge.net