Molekel

Приложение для молекулярного моделирования, визуализации молекулярных систем.



Molekel — простое C++ / QT (Qwt) графическое приложение для трёхмерного молекулярного моделирования (ММ), визуализации молекулярных систем.



Молекулярное моделирование (Molecular modelling) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.



Molekel разработан в 1990 году Питером Ф. Флюкигером (Peter F. Flükiger) из Женевского университета (University of Geneva) по заказу компании Silicon Graphics Computer Systems (SGCS). С 1998 года разработку приложения продолжил Стефан Портманн (Stefan Portmann), закончив работу на версии 4.3 в том же году. В начале 2006 года Swiss National Supercomputing Centre (CSCS) решил перезапустить проект и в декабре 2006 года была представлена версия 5.0 под свободной лицензией.





Molekel имеет частично настраиваемый пользовательский интерфейс (перемещаемые и отключаемые панели инструментов), для трёхмерного моделирования и обработки изображений используются возможности инструментов прикладной визуализации Visualization Toolkit (VTK).





Molekel предоставляет полный набор инструментов применяемых в режиме реального времени и позволяющих создавать высококачественные трёхмерные изображения. Исходными данными для визуализации служат координаты атомов молекулы (комплекса молекул) содержащихся в файлах химических структур, поддерживаются все наиболее популярные форматы (*.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).



Molekel может сохранить визуализированную молекулярную систему в файл форматов PostScript (PS), EPS (Encapsulated PostScript) и PDF (Portable Document Format), а также экспортировать в изображение формата PNG или TIFF, управление осуществляется с помощью мыши и/или клавиатуры.



Лицензия: GNU General Public License version 2.0 (GPLv2)



Домашняя страница

Страница на github.com