Avogadro — многофункциональное C++ / Python / QT / OpenGL (GLEW) графическое приложение для трёхмерного молекулярного моделирования.
Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.
Молекулярный редактор Avogadro является удобным инструментом для использования в вычислительной химии, биоинформатике, металловедению и смежных областях. Основной функционал приложения основан на возможностях Open Babel.
Open Babel — свободная химическая экспертная система разрабатываемая и поддерживаемая сообществом учёных. Проектом предоставляется самостоятельное приложение и встраиваемая библиотека для поиска, конвертации, анализу и хранению данных по молекулярному моделированию, химии, твердотельным материалам, биохимии или смежным областям.
Avogadro прост в изучении и использовании, имеет удобный и частично настраиваемый пользовательский интерфейс (перемещаемые и отключаемые панели инструментов), приложением предоставляется гибкий движок рендеринга и расширяемую архитектуру основанную на плагинах.
С помощью Avogadro можно легко построить или изменить структуру молекулы, обеспечивает отличное качество отображение молекул и белковых структур, приложением поддерживается просмотр и редактирование трёхмерных структур большинства наиболее популярных форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).
Avogadro может служить графической оболочкой для множества квантовохимических пакетов и самостоятельно проводить полуэмпирические расчёты с визуализацией в окне приложения.
Лицензия: Public Domain / Artistic License / GNU GPLv2
