Avogadro 2 — расширяемое плагинами C++ / Python / QT / OpenGL (GLEW / VTK) графическое приложение для трёхмерного молекулярного моделирования.
Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.
Avogadro 2 является значительно переработанной и улучшенной версией оригинального трёхмерного молекулярного редактора Avogadro. Проект начинался как попытка устранения недостатков оригинального приложения, а также добавления функционала имеющегося в современных свободных и коммерческих проектах аналогичного назначения.
Молекулярные редакторы Avogadro и Avogadro 2 можно установить одновременно и использовать без каких либо конфликтов. Приложение предоставляет многочисленные инструменты для использования в вычислительной химии, биоинформатике, металловедению и смежных областях. Основной функционал приложения основан на возможностях Open Babel.
Open Babel — свободная химическая экспертная система разрабатываемая и поддерживаемая сообществом учёных. Проектом предоставляется самостоятельное приложение и встраиваемая библиотека для поиска, конвертации, анализу и хранению данных по молекулярному моделированию, химии, твердотельным материалам, биохимии или смежным областям.
Avogadro 2 имеет удобный и частично настраиваемый пользовательский интерфейс (перемещаемые и отключаемые панели инструментов), редактор позволяет легко построить или изменить структуру молекулы, обеспечивает отличное качество отображение молекул и белковых структур, поддерживается просмотр и редактирование трёхмерных структур большинства наиболее популярных форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).
Несмотря на продолжающуюся активную разработку и регулярное добавление нового функционала Avogadro 2 уже является надёжным и стабильным решением для трёхмерного молекулярного моделирования. Разработка приложения ведётся при финансовой поддержке Kitware, Inc (компания специализирующаяся на научных исследованиях с использованием свободного программного обеспечения).
Лицензия: Public Domain / Artistic License / GNU GPLv2
