Gabedit

Gabedit — простой C (си) / x11 / GTK / OpenGL графический интерфейс (GUI) к нескольким пакетам вычислительной химии.

Gabedit даёт удобный доступ к функционалу Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess и Q-Chem. Для удобства пользователей в состав приложения включена утилита для просмотра и редактирования молекул в 3D-режиме (трёхмерного молекулярного моделирования).

GAMESS-US (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) — утилита из пакета вычислительной квантовой химии производящая расчёты при помощи многих методов вычислений. Сделанные расчёты сохраняются в текстовой файл специального формата, хранящиеся в файле координаты можно преобразовать в любой удобный формат с помощью Open Babel (химическая экспертная система).

Gaussian — пакет утилит для расчёта структуры и свойств молекулярных систем в газовом и конденсированном состоянии, включающем большое разнообразие методов вычислительной химии, квантовой химии и молекулярного моделирования. Пакетом утилит можно генерировать так называемые cube-файлы (*.cube), описывающие некоторые объёмные данные и положение атомов для молекулярной системы.

Molcas — коммерческое приложение для вычислительной химии, разработанное в качестве совместного проекта рядом международных институтов. Основное внимание в приложении уделено методам расчёта общих электронных структур в молекулярных системах (как в основном, так и в возбуждённом состояниях), используется библиотека для параллельных вычислений Global Arrays (GA).

Molpro — набор утилит на основе библиотеки параллельных вычислений Global Arrays (GA), используется для точных вычислений в квантовой химии. При разработке основное внимание уделяется высокоточным вычислениям, с широким рассмотрением проблемы корреляции электронов посредством взаимодействия конфигурации многовариантности.

MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry) — пакет утилит для проведения параллельных вычислений в квантовой химии и молекулярном моделировании. Пакет утилит является открытым аналогом пакетов вычислительной химии GAMESS и Gaussian, распространяемых под лицензиями с ограничениями (proprietary), бесплатными и условно-бесплатными.

OpenMopac — утилита используемая в вычислительной химии для реализации полуэмпирических алгоритмов квантовой химии. Утилита является свободной версией MOPAC, ставшей распространяться под бесплатной лицензией для академических пользователей и по платной подписке для коммерческого использования.

Orca — пакета утилит вычислительной квантовой химии, основным назначением является расчёт больших молекул, комплексов с переходными металлами, а также UV-Vis и ИК спектров. Результаты вычислений сохраняются в файл особого формата, но могут преобразовываться в cube-файлы (*.cube) и формат XYZ (*.xyz) поддерживаемый большинством приложений для трёхмерного молекулярного моделирования.

Firefly (ранее PCGamess) — набор утилит для квантовохимических расчётов основанный на GAMESS-US и переписанный автором на 60-70% (основной разработчик Александр Грановский), в следствии чего расчёты производятся значительно быстрее чем утилитами оригинального проекта.

Q-Chem — пакет предлагающий передовую всеобъемлющий комплекс инструментов неэмпирической химии для точного прогнозирования молекулярных структур, реактивности, колебательного, электронного спектра и спектра ядерного магнитного резонанса. Пакет включает в себя интегрированный графический интерфейс предусматривающий общие возможности визуализации и генератор ввода, обширный набор функций и методов корреляции. Дополнительно к инструментам вычислительной химии предоставляется универсальная платформа разработки кода.

Gabedit поддерживает наиболее популярные форматы молекул и белковых структур (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр), поддерживается импорт большинство графических форматов (PNG, JPEG, BMP, PPM и др), может автоматически генерировать серию изображений для анимации и многое другое...

Лицензия: BSD (Berkeley Software Distribution license)

Домашняя страница

Страница на sourceforge.net

Страница на github.com (fork original repository)