MOLDEN

MOLDEN — набор инструментов для трёхмерного (3D) молекулярного моделирования.

Молекулярное моделирование (Molecular modelling) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.

Первая версия MOLDEN выпущена в ноябре 1996 года, автор оригинального проекта Gijs Schaftenaar, разработка приложения продолжается по заказу голландского Центра молекулярной и биомолекулярной информатики (Center for Molecular and Biomolecular Informatics / CMBI).

MOLDEN имеет двухоконный пользовательский интерфейс и содержит стандартный функционал необходимый для визуализации молекулярных систем. Основным достоинством приложения является высокая скорость работы и совместимость с большинством популярных форматов химических структур.

MOLDEN имеет мощный редактор Z-матрицы (Z-matrix), обеспечивающий полный контроль над геометрией и позволяющий создавать молекулы с нуля, включая полипептиды. Визуализатор способен отображать молекулярные орбитали, плотность электронов и молекулярную отрицательную атомную плотность, усреднённую или ориентированную атомную плотность и многое другое...

MOLDEN полностью поддерживает работу с форматами пакетов вычислительной химии GAMESS-UK и GAMESS-US, GAUSSIAN (пакет для расчёта структуры и свойств молекулярных систем) и приложений для полуэмпирических расчётов Mopac/Ampac, а также других приложений использующих Ab initio методы расчётов.

MOLDEN имеет низкие системные требования и не требует никакого специального графического оборудования, управление ориентировано на использование мыши, частично поддерживается управление с клавиатуры. Linux-версия приложения распространяется бесплатно.

Лицензия: FREE (собственная / исходный код закрыт)

Домашняя страница