PyMOL (Molecular Graphics System) — расширяемое C (си) / C++ / Python / Tk графическое приложение для трёхмерного молекулярного моделирования.
Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.
Молекулярное моделирование используется в компьютерной химии, вычислительной биологии и науке о материалах, для изучения индивидуальных молекул и взаимодействия в молекулярных системах. Методы ММ широко используются при изучении структуры, динамики и термодинамики неорганических, биологических и полимерных систем.
Система молекулярной визуализации PyMOL позволяет создавать высококачественные трёхмерные (3D) изображения мелких молекул, биологических молекул (таких как белки), молекулярных поверхностей, траекторий и пр...
PyMOL имеет частично настраиваемый двухоконный пользовательский интерфейс (окно просмотра и окно инструментов), поддерживается графическое и командное управление. Поддерживается просмотр трёхмерных структур большинства наиболее популярных форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).
Помимо визуализации PyMOL может использоваться для редактирования данных, предоставляя полный набор инструментов для работы с трёхмерными структурами. Есть возможность неограниченного повтора и отмены изменений (Undo/Redo), сессию визуализации и редактирования можно сохранить (в файле *.pse).
PyMOL позволяет экспортировать просматриваемые и редактированные трёхмерные структуры в файлы форматов VRMI 2 WRL (*.wrl), COLLADA (*.dae) и ROV (*.pov), можно экспортировать презентацию в видеоролик (MPEG) и изображение формата PNG (*.png). С помощью PyMOL сделано примерно четверть публикуемых в научной литературе структур белков.
PyMOL легко расширяется с помощью плагинов и пользовательских скриптов, с приложением поставляется несколько демонстрационных трёхмерных структур, ведётся подробный лог событий, настройки сохраняются в конфигурационном файле (~/.pymolrc).
Лицензия: Python License (CNRI Python License)
